注销电子税务自然人用户不同地方可能操作不同的，需要以你所在地税务机关对这方面的操作要求为准。我所在地是填写一份注销电子税务自然人用户的表格，提交给税局相关窗口，办理注销电子税务自然人用户手续就是了。